秦朝，晋安区辖地属闽中郡；汉高祖五年（公元前202年），属闽越国；汉始元二年（公元前85年），属会稽郡冶县；汉建安元年（196年），属建安郡侯官县；晋太康三年（282年），属晋安郡原丰县；隋开皇十二年（592年）原丰县改称闽县，五代后唐长兴四年（933年）改长乐县，后唐清泰二年（935年），恢复闽县。宋太平兴国六年（981年），境内今新店镇及北峰诸乡镇属新设立之怀安县，其余仍属闽县；明万历八年（1580年），撤怀安县，并入侯官县，境内原属怀安县地域同时改属侯官县。民国元年（1912年）闽县、侯官县合并为闽侯县，境内辖地属闽侯县；民国33年（1944年），闽侯县改称林森县。

　　1949年，福州解放以后，境内设鼓山、新店两个区，直属福州市；北峰山区属闽侯县第八区（到1962年，先后改为石牌区、石牌人民公社、北峰人民公社）；1952年12月，成立福州市人民政府郊区行政办事处（简称郊办处），为市政府的派出机构，管辖范围遍及福州郊区；1957年11月，撤销郊办处，郊区设10个乡镇，直属福州市人民委员会，时境内设鼓山、岳峰、湖前、战坂4个乡；1958年9月，成立福州市郊人民公社，下设分社；1959年市郊人民公社改为郊办处，下设分社改称公社；1960年3月，郊办处撤销，境内设鼓山区、新店区人民委员会，1961年6月，改为区行政办事处；1962年，恢复郊办处，同时北峰人民公社划属郊办处；1963年，郊办处所属各人民公社改称“区”，区下设公社（俗称“小公社”）；1969年4月，成立福州郊区革命委员会，11月，所属各区改称“公社”，取消“小公社”；1970年2月，郊区撤销，境内平原区各公社分属福州市台江、鼓楼区，同时设北峰区（县处级）；1975年，北峰区撤销，恢复郊区，7月，成立福州市蔬菜生产管理区（后改称“环城区”），境内各公社分属两区；1978年、1982年先后撤销马江区、环城区，并入郊区，郊区面积达到926平方公里。

　　1996年，福州市区划调整，郊区改称晋安区，境内部分乡镇划归鼓楼、台江、仓山及新成立的马尾区，晋安区保留新店、鼓山、宦溪3个镇，日溪、红寮、岭头、鼓岭4个乡，新成立岳峰镇、象园街道，划入王庄街道（原鼓楼区王庄新村街道）、茶园街道（原鼓楼区五四街道）。

　　2004年，福州市开展撤乡并镇，晋安区北峰山区岭头乡撤销，并入寿山乡；鼓岭乡撤销，并入宦溪镇。目前，晋安区共有鼓山镇、新店镇、岳峰镇、宦溪镇、茶园街道、王庄街道、象园街道、寿山乡、日溪乡等9个乡镇（街道）。