中共福州市晋安区纪委、福州市晋安区监委合署办公，内设12个职能部门：办公室、组织和宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、第三纪检监察室、第四纪检监察室、第五纪检监察室、案件审理室、纪检监察干部监督室。
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织会议和活动；组织起草区纪委监委有关综合文稿，编报信息、简报；负责机关机要、保密、文电、档案工作等；督促检查有关工作部署的落实情况；负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况；负责机关后勤、财务、国有资产管理和安全保卫工作；负责全区纪检监察系统信息化建设的规划、实施，以及机关办公信息化设备及信息系统的维护、管理工作等。
组织和宣传部：根据干部管理权限，负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责机关各室（部）、派驻（出）机构、巡察机构和直属单位干部人事工作；协调办理区委管理的干部任职前和出国(境)回复区委组织部意见工作，以及其他征求党风廉政意见回复工作等。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作等。
信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交有关纪检监察室；负责向市纪委监委报告重要问题线索处置和案件查办情况，统一受理派驻(出)机构、区委进察办、乡镇(街道)纪(工)委、机关室(部)线索处置和案件查办报告，分送有关部门；对调查措施使用进行监督管理，为监督检查和审查调查工作提供技术支持；开展信息查询、电子数据取证、同步录音录像工作；统筹办案信息化装备的需求、调配、管理、建设、维护大数据监督平台等。
第一至第四纪检监察室：主要履行依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。主要负责联系片区和部门、单位的日常监督检查和对涉嫌一般违纪问题线索处置。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议;监督检查联系单位(街镇、部门)领导班子及区委管理的干部遵守、执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况;监督检查联系单位(街镇、部门)党委(党工委、党组)落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促区纪委监委派驻(出)机构落实纪检、监察责任，实施问责;综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”中的第一种、第二种形态的，按程序提出处置意见;对适用第三种、第四种形态的，按程序移交审查调查部门;向监察对象所在单位提出监察建议;可以办理镇街监察机构管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理全区各级纪检监察机构管辖范围内的监察事项。
第五纪检监察室：主要承办省纪委监委、市纪委监委交办的辖区范围内涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题的线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议等。
案件审理室：负责审理区纪委监委直接审查调查和下级纪检监察机关报批或备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对区纪委作出的党纪处分或其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。
纪检监察干部监督室：负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
下属事业单位1个：福州市晋安区清风管理中心。
中共福州市晋安区委巡察工作领导小组办公室为区委工作部门，设在区纪委，设2个巡察组。
晋安区纪委监委派驻纪检监察组8个：驻区委办公室纪检监察组、驻区委组织部纪检监察组、驻区政府办公室纪检监察组、驻区发展和改革局纪检监察组、驻区教育局纪检监察组、驻区市场监督管理局纪检监察组、驻区人民法院纪检监察组、驻区人民检察院纪检监察组。